Definire per un alimento od un gruppo di alimenti quali siano gli indici microbiologici di qualità, come gli indici di carenza di igiene o quelli di alterabilità, è abbastanza complesso.
Il Regolamento 2073/2005 viene in aiuto ai microbiologi analisti definendo alcuni marcatori microbiologici che siano indici dello stato di igiene di produzione e ciò viene fatto in maniera dedicata per diverse categorie alimentari, poiché alimenti di diversa composizione possono venire degradati da differenti gruppi microbici. Infatti, per valutare le condizioni igieniche dei prodotti e dei processi alimentari è necessario individuare microrganismi che rispondano al alcune precise caratteristiche cioè che siano tipici del substrato in esame, ma anche facili da rilevare e quantificare e che, possibilmente, siano indicatori della presenza anche di altri microrganismi pericolosi per la salute.
La ricerca dei contaminanti generici come la carica batterica totale può essere un buon punto di partenza, poiché facilmente a cariche elevate corrispondono carenti condizioni igieniche di produzione come forte contaminazione ambientale o scarsa igiene degli operatori; discorso analogo può essere fatto per la carica generica fungina, nei gruppi di alimenti come frutta, verdura, succhi, farine ed in genere prodotti di origine vegetale e a pH acido. Il dato relativo alla carica batterica totale può essere dunque valutato solo come un’indicazione sulla contaminazione generica presente: più elevate sono le cariche, più carente è lo stato igienico. In maniera più specifica possiamo invece individuare marcatori microbiologici che siano indici di situazioni meno generiche come lo stato igienico di una linea di produzione o la probabile alterabilità di una categoria di prodotti. Ad esempio, la ricerca di Enterobatteriacee totali e di E.coli è utile per rilevare una situazione igienica nel settore dei prodotti carnei, dalle carcasse animali alle carni fresche, alle preparazioni di carne: questo gruppo microbico è, infatti, tipicamente di origine animale e prevalentemente intestinale. In più, data questa sua origine, E.coli nelle carni fresche e preparazioni di carne ha il significato di indice di contaminazione fecale.
Accanto alle cariche microbiche totali batterica e fungina, agli indici di igiene e di alterabilità, il microbiologo ha un ulteriore strumento di analisi: la valutazione della carica microbica dell’ambiente di produzione. La contaminazione ambientale può influire anche pesantemente su quella del prodotto finito e, secondo il concetto di controllo preventivo introdotto dal metodo HACCP, l’analisi microbiologica della contaminazione dell’aria, delle superfici e del personale serve a verificare che essa rimanga entro limiti tali da non costituire un pericolo di inquinamento delle produzioni.
